江汉关博物馆展厅总面积达2300平方米,主要有《江汉朝宗——武汉城市现代化历程》基本陈列以及展现江汉关海关业务为主题的复原陈列。展厅面积分布合理,各楼层均设置了用于参观导览和有关武汉城市史、租界史、海关史资料查询的多媒体触摸屏。
底层包括展厅出入口、咨询中心、语音导览中心、青少年活动中心以及博物馆商店。
一层展出的是我馆基本陈列——《江汉朝宗——武汉城市现代化历程》展的第一单元《汉口开埠——武汉城市现代化的开端》、第二单元《艰难跋涉——武汉城市现代化道路的曲折探索》部分内容。此外,第一单元展厅还有报关大厅以及波罗馆的复原陈列。
二层展出的是基本陈列——《江汉朝宗——武汉城市现代化历程》展的第二单元《艰难跋涉——武汉城市现代化道路的曲折探索》部分内容以及第三单元《走向辉煌——武汉城市现代化的发展与腾飞》。此外,本楼层还有钟楼微缩复原室、税务司、秘书课、江务课等复原陈列。
三层主要为交流展厅和办公区域。